RSDI Kendal berawal dari sebuah Rumah Bersalin dan Balai Pengobatan yang resmi berdiri pada 30 Mei 1995, di bawah penyelenggaraan Majelis Pembina Kesehatan Umum Pimpinan Cabang Muhammadiyah Kaliwungu.
Seiring meningkatnya kebutuhan pelayanan kesehatan masyarakat, pada Februari 2005 fasilitas ini berkembang menjadi RSIA Muhammadiyah Darul Istiqomah Kendal. Peresmian dilaksanakan pada 8 Mei 2005 oleh Bupati Kendal, Bapak H. Hendy Boedoro, S.H., M.Si., berdasarkan Keputusan Menteri Kesehatan Republik Indonesia Nomor YM.02.04.3.5.673.
Pada September 2013, rumah sakit kembali berkembang menjadi RSU Muhammadiyah Darul Istiqomah Kendal berdasarkan SK Sementara Bupati Kendal Nomor 445/549/2013. Selanjutnya, pada 4 Juni 2015, RSDI Kendal resmi ditetapkan sebagai Rumah Sakit Umum Tipe D melalui Keputusan Bupati Kendal Nomor 445/388/2015.
Hingga saat ini, RSDI Kendal terus tumbuh dan berkomitmen memberikan pelayanan kesehatan yang amanah, profesional, bermutu, dan berorientasi pada kebutuhan pasien serta keluarga.